EP卫星工程总体单位：中国科学院国家空间科学中心

　　负责组织完成EP卫星工程项目总体方案设计，各工程系统间技术协调，并协调开展系统间接口对接试验，在轨运行等工作。

　　卫星系统总体单位：中国科学院微小卫星创新研究

　　负责卫星平台以及有效载荷的研制，实现正常在轨运行，完成科学探测数据的获取并传送至地面。其中，宽视场X射线望远镜(WXT)由中科院上海技术物理研究所联合中科院国家天文台共同研制，后随X射线望远镜(FXT)，由中科院高能物理研究所负责研制。

　　运载火箭系统：中国航天科技集团有限公司第一研究院

　　负责运载火箭系统研制生产任务，在发射场系统、测控系统支持下将卫星准确送入预定轨道。

　　地面支撑系统总体单位：中国科学院国家空间科学中心

　　负责完成有效载荷在轨运行和科学探测任务的实施，完成科学数据的接收、预处理、管理和归档，提供数据长期发布服务。

　　科学应用系统总体单位：中国科学院国家天文台

　　负责科学应用系统建设和运行，完成科学观测计划制定、指导科学探测任务的实施，负责有关科学数据的处理、研究工作，参与数据发布，提供科学用户支持。